Действовала на правом фланге южной группировки немецких войск на территории Молдавии, Юга Украины, в Крыму и на Кавказе. Руководителем группы первоначально был Отто Олендорф, в апреле 1942 г. его сменил оберфюрер СС Биркамп Вальтер. В состав айнзатцгруппы входило несколько оперативных и особых команд. В каждом из этих подразделений насчитывалось по 150 - 170 сотрудников, в том числе по 25 - 30 сотрудников гестапо. Командам были приданы по взводу полицейских и солдат СС - из них формировались команды для проведения экзекуций.

До вступления на советскую территорию айнзатцгруппа Д располагалась в Румынии, в июне 1941 г. — в Бессарабии (штаб в Кишиневе), зондеркоманда 11А — в Черновицах, зондеркоманда 11Б — в Тирасполе, айнзатцкоманда 12 — в Белгороде-Днестровском (Аккермане) и Измаиле. Впоследствии все эти подразделения двинулись в глубь СССР.

Во время пребывания в Крыму при группе были созданы антипартизанские батальоны и роты крымских татар.

Для координации деятельности всех карательных структур при проведении антипартизанских операций был создан специальный орган под руководством высшего руководителя СС и полиции Крыма оберфюрера СС Гоха. Начальником штаба был назначен Хайнц Эберхардт.

В мае 1943 г. айнзатцгруппа Д была переименована в "Кампфгруппу Биркампа", а в июле расформирована. Бывший начальник группы Биркамп был назначен командующим полиции безопасности и СД Кракова, где находился до 1945 г.

Зондеркоманда 10А. Была придана 171-й пехотной дивизии и 30-му армейскому корпусу. "Прославилась" своими зверствами в Ставрополе, где проводила массовые уничтожения людей.

Начальниками органа были штурмбанфюреры СС Зитцен (1941—1942 гг.) и доктор Курт Кристман (1942 - 1943 гг.).

Зондеркоманда 10Б. Придана южной группировке немецких войск, затем 11-й армии. Начальниками команды были штурмбанфюреры СС Алоиз Перстерер (1941-1942 гг.) и Эдуард Едамчик (1942-1943 гг.).

Зондеркоманда 11А. Действовала при румынской группировке. Начальниками команды последовательно были: Пауль штурмбанфюреры Пауль (1941-1942 гг.), Герхард Бает (1942 г.), Вернер Херземанн (1942—1943 гг.).

Зондеркоманда 11Б. Начальниками команды были: штурмбанфюреры СС Ганс Унглаубе (1941 г.), Бруно Мюллер (1941 г.), доктор Браун (1941-1942 гг.), оберштурбанфюрер Пауль Шульц (1942-1943 гг.).

Айнзатцкоманда 12. Действовала в тылу немецких войск на Южной Украине и Северном Кавказе. Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюрер СС Густав Носке (1941 - 1942 гг.), штандартенфюрер СС доктор Эрих Мюллер (1942 г.), оберштурмбанфюрер СС Гюнтер Германн (1942 - 1943 гг.).

Команда вела контрразведывательную работу и организовывала и проводила акции массового уничтожения населения. Помимо этих функций, присущих каждому подразделению полиции безопасности и СД, команда вела массовую антисоветскую пропаганду, для чего было создано специальное пропагандистское подразделение.

В подчинении команды было 4 - 5 отрядов, которые по мере надобности высылались в населенные пункты для проведения карательных акций.

При команде также был сформирован взвод из местных жителей, уроженцев Кавказа, для проведения арестов и конвоирования. Большинство арестованных расстреливалось без суда по решению следователя. Нередко расстрелы проводились без предварительного следствия, для разгрузки тюрьмы. При этом в книгах учета арестованных против фамилии казненного ставилась отметка "Выбыл на работу в Германию". Расстрелы евреев производились без учета фамилий, учитывалось лишь их общее количество. С сентября 1942 г. массовые казни производились с помощью двух автомобилей-душегубок.