Данное управление занималось всем комплексом вопросов войск СС, а также вопросами оперативного использования Альгемайне СС. Гиммлер называл свое управление своим Генеральным штабом. Ведомство создано 15 августа 1940 г. в составе Главного управления СС. 5 марта 1942 г. стало самостоятельным ведомством и получило в системе СС статус главного управления. До января 1943 г. шефом Главного оперативного управления СС был сам Г. Гиммлер, его заместителем был группенфюрер СС К. Цех. 30 января 1943 г. начальником Главного оперативного управления СС был  назначен обергруппенфюрер СС и генерал войск СС Г. Юттнер.

На момент своего создания - 15 августа 1940 г. - управление получило следующее штатное расписание.

Командование войск СС (Kommando der Waffen-SS; учреждено 1 июня 1940 г.).

Санитарная инспекция войск СС (Sanitätsinspektion der Waffen-SS).

Управление вооружений и снаряжения войск СС (Waffen- und Geräteamt der Waffen-SS; создано 1 апреля 1940 г.), 23 октября 1940 г. переименовано в Центральное управление военного имущества (Zentralzeugamt).

Автотранспортная инспекция (Kraftfahrinspektion).

Инспекция концентрационных лагерей (Inspektion der Konzentrationslager).

Комендатура СС Дахау (SS-Standortkommandantur Dachau).

Комендатура СС Прага (SS-Standortkommandantur Prag).

Центральное управление (SS-Zentralamt), 5 сентября 1940 г. переформировано в Командное управление Альгемайне СС (Kommandoamt der Allgemeinen SS).

Управление по охранным вопросам (Amt ür Sicherungsaufgaben).

Управление связи (Amt für Nachrichtenverbindungen).

Административное управление СС (Verwaltungsamt der SS).

Рентгеновский штурмбанн (Rönt-gen-Sturmbann).

Подобная структура управления просуществовала всего два месяца и уже 23 октября 1940 г. было объявлено о новой структуре Главного оперативного управления СС, которая в целом сохранялась на протяжении двух следующих лет - до 26 ноября 1942 г.:

Начальник штаба с адъютантурой (Chef des Stabes mit Adjutantur).

Управление I: Командное управление войск СС (Kommandoamt der Waffen-SS), в его составе 1 ноября 1941 г. создано две управленческие группы (Amtsgruppe) - Оперативная (Führung) и Организационная (Organisation).

Офицеры и нижние чины (Führer und Mannschaften).

Дисциплинарные установления (Disziplinarangelegenheiten).

Ветеринарный отдел (Veterinärabteilung).

Инспекция концентрационных лагерей (Inspektion der Konzentrationslager), 1 ноября 1941 г. выведена в самостоятельное VI управление.

Управление II: Войсковые инспекции (Waffeninspektion), 1 ноября 1941 г. управление расформировано, а инспекции подчинены напрямую начальнику Главного оперативного управления СС.

1-й отдел: пехота (Infanterie).

2-й отдел: артиллерия (Artillerie).

3-й отдел: кавалерийские и подвижные части (Reit- und Fahrwesen).

4-й отдел: автомобильные боевые и парковые части (Kraftfahr-Kampf-truppen und Kraftfahrparktruppen), с 6 февраля 1941 г. - автомобильная инспекция (Kraftfahrinspektion).

5-й отдел: саперы (Pioniere).

6-й отдел: части связи (Nachrichtentruppen), создан 1 апреля 1941 г. из Управления связи.

7-й отдел: транспортные войска (Kraftfahrwesen).

8-й отдел: санитарные части (Sanitätswesen), 15 ноября 1940 г. передан во вновь сформированное VIII управление.

9-й отдел: оружейные части (Waffenwesen).

Управление II: Личное бюро (Persönliches Büro), сформировано 1 ноября 1941 г..

Управление III: Командное управление Альгемайне СС (Kommandoamt der Allgemeinen SS).

Главный отдел I a: использование, руководство (Einsatz, Führung)

Главный отдел I О: организационный (Organisation).

Главный отдел кадров (Personal).

Главный отдел обороны (Abwehr).

Главный отдел охраны радиостанций СС (Funkschutz-SS).

Комендатура СС Берлин (SS-Standortkommandantur Berlin).

Управление IV: Административное управление СС (SS-Verwaltungsamt).

Бюджет (Haushalt).

Денежное довольствие (Besoldung).

Вещевое довольствие (Bekleidung).

Квартирное довольствие (Unterkunft).

Казарменное довольствие (Kasernen).

Правовая служба (Rechtswesen).

Ревизия отчетности (Rechnungsprüfung).

Сберегательное общество (Spargemeinschaft).

Административный персонал (Verwaltungspersonal).

Канцелярия (Kanzlei).

Управление V: Центральное управление военного имущества (SS-Zentralzeugamt), состоявшее из главных управлений военного имущества (Hauptzeugämter) Преттин, Ораниенбург, Дахау, 4,5; кроме того, при каждом Оберабшните СС существовало местное управление (Nebenzeugamt).

Управление вооружений СС (SS-Waffenamt), сформировано без номера 1 ноября 1941 г., 26 ноября 1942 г. разделено между VIII и IX управлениями. Делилось на три номерные группы.

Управление VI: Общее управление (Allgemeines Amt), 1 ноября 1941 г. расформировано.

Оборона (Abwehr).

Местные установления (Standort-Angelegenheiten).

Пресс-служба (Presse).

Рентгеновский штурмбанн (Röntgen-Sturmbann).

Военно-исторический отдел (Kriegsgeschichte).

Разработкаинструкций (Vorschriften).

Канцелярия (Kanzlei).

Управление VI: Инспекция концентрационных лагерей; создано 1 ноября 1941 г.; 16 марта 1942 г. передано в Административно-хозяйственное управление СС.

Кроме вышеуказанных управлений 15 ноября 1940 г. были сформированы:

Управление VII: Подготовка офицеров (Führerausbildung).

Юнкерские училища СС (SS-Junkerschulen).

Учебные курсы для офицеров (Lehrgänge für Führer).

Управление VIII: Санитарное управление СС (SS-Sanitätsamt).

Врачебная служба (Ärztlicher Dienst).

Молодые кадры (Nachwuchs).

Фармацевтическо-химическая служба (Pharm.-Chem. Dienst).

Исследовательская служба (Wissenschaftlicher Dienst).

Войсковые инспекции (Waffen-Inspektion), 10.4.1942 объединены в управленческую группу Инспекции (Amtsgruppe Inspektionen).

1-я инспекция: унтер-офицерские училища (Unterführerschulen).

2-я инспекция: пехота (Infanterie)

3-я инспекция: кавалерийские и подвижные части (Reit- und Fahrwesen).

4-я инспекция: артиллерия (Artillerie), с 10.4.1942 также и зенитной артиллерии.

5-я инспекция: саперы (Pioniere).

6-я инспекция: автомобильные и автомобильные боевые части (Kraftfahrtruppen und Kraftfahrkampftrupen).

7-я инспекция: части связи (Nachrichtentruppen).

8-я инспекция: оружейная служба (Waffenwesen).

В результате дальнейших переформирований в ноябре - декабре 1942 г. - основной приказ 26 ноября 1942 г., изменение нумерации управлений 2 декабря 1942 г. - Главное оперативное управление приняла окончательный вид, с которым, в принципе, и закончила войну:

Управление I: Командное управление Альгемайне СС (Kommandoamt der Allgemeinen SS).

Управление II: Командное управление войск СС (Kommandoamt der Waffen-SS).

Управление III: Центральная канцелярия (Zentralkanzlei).

Управление IV: Административное управление СС (SS-Verwaltungsamt).

Управление V: Управление кадров (Personalamt).

Управление VI: Кавалерийская и автомобильная служба (Reit- und Fahrwesen).

Управленческая группа А - Снабжение (Versorgung).

Штаб группы (Stab), 24 февраля 1944 г. расформирован.

Управление VII: Служба снабжения (Nachschubwesen), 24 февраля 1944 г. расформировано, отделы переданы в Управление X и 8-ю инспекцию.

Управление VIII: Управление вооружений (Waffenamt).

Управление IX: Технические вооружения и машины (Technische Ausrüstung und Maschinen), 24 февраля 1944 г. преобразовано в отдел в составе Управления X.

Управление X: Авторемонтная служба (Kraftfahrzeugwesen), 24 февраля 1944 г. переформировано в Управление VII.

Управленческая группа В - Подготовка, обучение (Ausbildung).

Штаб группы (Stab), 24 февраля 1944 г. расформирован.

Управление XI: подготовка командных кадров (Führer-Ausbildung).

Управление XII: подготовка унтер-офицерских кадров (Unterführer-Ausbildung).

Управленческая группа С - Инспекции (Inspektionen).

Штаб группы (Stab), 24 февраля 1944 г. расформирован.

1-я инспекция: молодые унтер-офицерские кадры (Unterführer-Nachwuchs).

2-я инспекция: пехота (Infanterie), 28 апреля 1943 г. - 24 февраля 1944 г. - также горнострелковых войск (Gebirgstruppe).

3-я инспекция: кавалерия (Kavallerie).

4-я инспекция: артиллерия (Artillerie), 24 февраля 1944 г. рабочая группа штурмовой артиллерии передана в 6-ю инспекцию, а рабочая группа зенитной артиллерии преобразована в самостоятельную 13-ю инспекцию.

5-я инспекция: саперы/технические войска (Pioniere/Techniker).

6-я инспекция: танковые войска (Panzertruppen).

7-я инспекция: войска связи (Nachrichtentruppen).

8-я инспекция: войска артиллерийско-технического снабжения и ремонта (Feldzeug- und Instandsetzungstruppen), 24 февраля 1944 г. расформирована и передана в состав Управления VII.

9-я инспекция: горнострелковые войска (Gebirgstruppen), 28 апреля 1943 г. объединена со 2-й инспекцией и вместо нее сформирована новая - служба снабжения (Versorgungstruppen), 24 февраля 1944 г. - вновь сформирована как отвечающая за горнострелковые войска.

10-я инспекция: транспортные войска (Kraftfahrparktruppen).

12-я инспекция: автомобильная техника (Kraftfahr-Technik), 24 февраля 1944 г. расформирована и передана в Управление X.

13-я инспекция: зенитная артиллерия (Flakartillerie), создана 24 февраля 1944 г.

Управленческая группа D - Санитарная служба войск СС (Sanitätswesen der Waffen-SS), сформирована 2 декабря 1942 г.

Управление XIII: обеспечение и снабжение (Fürsorge und Versorgung).

Управление XIV: стоматологическая служба (Zahnärztlicher Dienst).

Управление XV: мастерская санитарного военного имущества (Sanitätszeugmeisterei).

Управление XVI: войсковая гигиена (Truppenhygiene), с 31 августа 1943 г. - врачебная служба (Ärztlicher Dienst).

Управление XVII: санитарная статистика (Sanitätsstatistik).

Управленческая группа Е

Служба военных корреспондентов (Kriegsberichterstattung).

Главный офицер связи (Hauptnachrichtenoffizier) .

Транспортный офицер (Transportoffizier).

Штандарт СС "Курт Эггерс" (SS-Standarte Kurt Eggers).

Структура Главного оперативного управления СС на декабрь 1940 г.