В апреле 1941 г. как оперативная штаб-квартира рейхсфюрера СС был создан Оперативный штаб рейхсфюрер СС (Einsatzstab Rf SS). В мае 1941 г. Оперативный штаб был переименован в командный штаб рейхсфюрера СС. 

Первоначально задачей Командного штаьа являлось обеспечение работы рейхсфюрера СС Г. Гиммлера в полевых условиях во время военных действии, т.е. когда он не находился в Берлине. Находился в подчинении Личного штаба рейхсфюрера СС. Являлся административным органом, которому был подчинен весь персонал штаб-квартиры рейхсфюрера СС. Во время войны на базе штаба была сформирована полевая командная служба имперского руководства СС (Feldkommadostelle Reichsführung-SS), занимавшаяся организацией временных штаб-квартир Гиммлера при его выездах на фронт.

Начальники: группенфюрер СС и генерал-лейтенант войск СС Курт Кноблаух (6 мая 1941 г. - 9 ноября 1942 г.), бригадефюрер СС и генерал-майор войск СС и полиции Эрнст Роде (26 ноября 1942 г. -  апрель 1944 г.).

На 1941 г. структура Командного штаба была следующей:

Оперативный отдел (Iа): оберштурмбаннфюрер СС Фриц Фрейтаг, с 9 августа 1941 г. - штандартенфюрер СС Эрнст Роде

Обер-квартирмейстер: бригадефюрер СС Хартенштейн

Отдел связи (In): штурмбаннфюрер СС Кёниг

Отдел Ib (материально-техническая часть): гауптштурмфюрер СС Хофмейстер

Отдел Iс (разведка): гауптштурмфюрер СС Май

Отдел Id: штурмбаннфюрер СС Роде

Начальник службы снабжения: штандартенфюрер СС Чимпке

Отдел III (судебный): оберштурмбаннфюрер СС Зандер

Отдел IVa (административно-хозяйственная часть): штурмбаннфюрер СС Шпациль

Отдел IVb (главный врач): бригадефюрер СС д-р Гравитц

Автомобильный отдел (V): оберфюрер СС фон Бассевитц-Бер

Отдел VI (национал-социалистическое воспитание): оберштурмбаннфюрер СС Бургер

В подчинении штаба в 1941 г.  находились:

штабная рота (Stabs-Kompanie);

1-й зенитный дивизион "Восток" (I. Flak Abteilung "Ost");

2-й зенитный дивизион "Рейхс-фюрер СС" (II. Flak Abteilung Reichsführer-SS);

моторизованная рота связи особого назначения "Рейхсфюрер СС" (SS-Nachrichten Kompanie z.b.V Reichsführer-SS (mot.);

военно-географическая рота (Wehrgeologen Kompanie);

служба снабжения с начальником снабжений и ремонтной роты (Nachschubdienste mit Nachschubführer u. Werkstatt Kompanie);

ветеринарная рота с ветеринарным парком и конным лазаретом (Veterinärkompanie mit Veterinflr-Park u. Pferde-Lazarett);

административная служба (Verwaltungsdienste);

управление полевой почты (Feldpostamt);

взвод военных корреспондентов (Kriegsberich tes-Zug);

рота полевой жандармерии (Feldgendarmerie-Kompanie);

моторизованный батальон сопровождения "Рейхсфюрер СС" (Begleitbataillon (Mot.) "Reichsführer-SS")

специальный батальон "Рейхсфюрер СС" (Sonder-Abteilung "Reichsführer-SS").

Кроме этих частей, с началом операции "Барбаросса" в непосредственном распоряжении штаба находились 1-я и 2-я пехотные бригады СС и два кавалерийских полка СС. 27 июня 1941 г. обе бригады и кавалерийские полки были переданы в подчинение различным Высшим фюрерам СС и полиции. Вплоть до своего расформирования в подчинении штаба также находился штандарт СС "Нордвест". В 1941 - 1942 гг. штаб был расположен в центральной части России и в Белоруссии.

К концу 1942 г. из-за передачи всех крупных боеспособных частей в действующую армию или в подчинение Высших фюреров СС и полиции в его составе осталось всего 1428 человек административных сотрудников и чинов охранных подразделений. Двигаясь вместе с линией Восточного фронта, штаб переехал на территорию Пруссии, а в конце войны находился в Пренцлау.